Wasserflöhe bilden sogenannte „Ephippien“, Dauereier die der Überwinterung und Verbreitung dienen. Da die meisten Wasserfloharten empfindlich auf Schadstoffe im Wasser reagieren, wird heutzutage mit dem Daphnientest die Wassergüte eines Gewässers untersucht. Zudem bilden Wasserflöhe einen wichtigen Bestandteil der Nahrungskette (z.B. Fischfutter).